В рядах защитников легендарной Брестской крепости героически сражались бойцы и командиры 132-го отдельного батальона конвойных войск. Именно в подвальном помещении казармы этой части была оставлена на стене глубоко волнующая и широко известная надпись: «Я умираю, но не сдаюсь. Прощай, Родина! 20/VII-41 г.». 
Эта надпись была сделана защитником крепости военнослужащим этого батальона Федором Рябовым месяц спустя после начала войны, когда немцы уже ворвались в Смоленск.

На Ленинградском фронте зародилось снайперское движение во внутренних войсках. И уже на первые числа августа 1942 года снайперами внутренних войск было уничтожено 8430 фашистских солдат и офицеров. Особенно отличились снайперы 1-й дивизии старшина И.В. Вежливцев и красноармеец П.И. Голиченков, уничтожившие соответственно 134 и 140 гитлеровцев и удостоенные звания Героя Советского Союза. Всего за годы войны в войсках НКВД было подготовлено около 28 тысяч снайперов. Команды снайперов неоднократно выезжали на боевые стажировки на фронт.

27 июня 1941 г. по приказу НКВД СССР было сформировано соединение для выполнения особых заданий наркоматов внутренних дел и обороны СССР «по уничтожению немецко-фашистских захватчиков и их приспешников во вражеском тылу». В октябре 1941 г. оно было переформировано в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН НКВД СССР), в октябре 1943 г. – в Отдельный отряд. О месте формирования ОМСБОН и сегодня напоминает табличка на одной из трибун московского стадиона «Динамо».
За годы войны по специальным программам для выполнения заданий в тылу врага бригада подготовила 212 специальных отрядов и групп.

О боевых заслугах ОМСБОН говорят следующие факты. 
За четыре года было проведено боевых операций – 1084, уничтожено солдат и офицеров противника – около 137 тыс., ликвидировано представителей немецкой администрации – 87, уничтожено немецких агентов и пособников врага – 2045, снято мин разных систем – 26 779, заложено минных полей – 49 252, подготовлено крушений воинских эшелонов с техникой, живой силой, боеприпасами, горючим и продовольствием – 1415, взорвано железнодорожных и шоссейных мостов 335, уничтожено самолетов – 51, самоходных орудий и танков – 21, осуществлено прочих диверсионных актов – 400. За героизм и мужество, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, более 5 тыс. омсбоновцев были награждены медалями и орденами, 
22 человека удостоены звания Героя Советского Союза.

За годы Великой Отечественной войны из рядов московской милиции в действующую армию было направлено более 12 тысяч человек, 7347 сотрудников были удостоены высоких государственных наград. Сотрудники столичной милиции внесли в фонд обороны страны около 54 млн. рублей, сдали облигаций государственных займов на 1 млн. 382 тыс. рублей,  собрали подарки воинам Красной Армии на 1 млн. 700 тыс. рублей, отправили на фронт 28 503 комплекта теплых вещей. Доноры – милиционеры сдали 15 172 литров  крови.

За успешное выполнение заданий в условиях Великой Отечественной войны, доблесть и мужество, проявленные личным составом ленинградской и московской милиции, Указами Президиума Верховного Совета СССР от 2 августа и 2 ноября 1944 г. ленинградская и московская милиция были награждены орденом Красного Знамени.

С первых дней войны участковым уполномоченным в дополнение к их обычным функциям были вменены обязанности по соблюдению правил светомаскировки и местной противовоздушной обороны, руководство укрытием населения в бомбоубежища, участие в тушении пожаров, расчистке завалов, охране ценностей и организации эвакуации  детей в тыл.

В феврале 1945 года, для выполнения задачи по охране Крымской конференции глав трех великих держав, от внутренних войск было выделено два сводных полка, которыми командовали полковники М.У. Нестерец и Г.Д. Шимбирев. В эти полки были подобраны лучшие офицеры из частей, главным образом, московского гарнизона, солдаты и сержанты из учебных частей – физически крепкие, с образованием не ниже 7 классов.

Полки успешно выполнили ответственное задание. Их служба по охране и обеспечению безопасности Крымской конференции является одной из славных страниц в истории внутренних войск.

Свой вклад в борьбу с преступностью и укрепление обороны страны внесли работники паспортных аппаратов милиции. В начале 1942 г. была проведена перерегистрация паспортов в ряде местностей СССР путем вклеивания в каждый паспорт контрольного листа. В сентябре 1942 г. на места были направлены методические рекомендации по осмотру и выявлению поддельных паспортов. Большую работу паспортные подразделения провели на освобожденных от врага территориях. Только в 1944–1945 гг. были обеспечены документами 37 млн. человек, в ходе документирования выявлено пособников фашистов 8187, бывших полицаев – 10 727, служивших в немецких учреждениях – 73 269, судимых – 2221 человек.

В условиях войны значительно усложнились задачи войск НКВД, осуществлявших охрану важных промышленных и государственных объектов и железнодорожных сооружений. В 1942–1943 гг. под охраной войск НКВД в пути находился 15 116 631 вагон (около 70 % всех перевозимых грузов), это позволило не менее чем на треть сократить количество хищений грузов на железных дорогах. Согласно утвержденному в марте 1942 г. НКВД и НКПС перечню, войска НКВД, кроме военных грузов, должны были охранять составы с хлебом, мясом, цветными металлами, автомашинами, тракторами, текстильными и кожевенными изделиями, обувью, готовым платьем, бельем и др. На войска НКВД была возложена охрана и литерных поездов.

В конце октября 1941 г., в самые напряженные дни боев на подступах к Москве, вся городская милиция была сведена в строевые подразделения и составила дивизию милиции, предназначенную для боевых действий на ближних подступах к городу в 5 секторах обороны, которые возглавили генералы и офицеры военных академий, находившихся в Москве.